В женската полова система живеят трилиони бактерии. Съвременното понятие за тази съвкупност е „микробиота“. То замества по-старото и по-известно наименование „микрофлора“.

Бактериите, които преобладават във влагалищния секрет на здрава жена в репродуктивна възраст, се наричат лактобацили. Те осигуряват кисело pH на средата и пречат на размножаването на други микроорганизми. Лактобацилите са желаните бактерии, присъствието на които всяка жена е необходимо да следи.

Когато се наруши естествения баланс на вагиналната микробиота, лактобацилите намаляват за сметка на увеличаване на различни групи микроорганизми. Това състояние е известно като бактериална вагиноза и най-често се причинява от Gardnerella vaginalis.

В гениталния тракт на жената съществуват и микроорганизми, които в малки количества не създават проблеми, но увеличаването им води до инфекции и усложнения с различна локализация. Такива са гъбичките от род Candida и част от микоплазмите (Ureaplasma spp. и Mycoplasma hominis). Количественото изследване на тази група микроорганизми е изключително важно за оценка на тяхната клинична значимост.

Задължително при микробния анализ трябва да се търсят и причинители на сексуално предавани инфекции: Mycoplasma genitalium, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Herpes simplex virus 1, Herpes simplex virus 2, Cytomegalovirus, Human papillomavirus и др.

Комплексният микробен анализ е показан, когато жената има симптоми или лабораторни данни за генитално възпаление; при планиране на бременност или при стартиране на процедура по асистирана репродукция; след продължителен прием на антибиотици, хормони, цитостатици и др. Това изследване е израз на грижа на жената за нейното сексуално и репродуктивно здраве. Комплексният микробен анализ се постига чрез прилагане на генетични методи. Понастоящем в България по-често се използва полимеразна верижна реакция (polymerase chain reaction, PCR), но постепенно навлиза и секвенирането (определяне на точната последователност на ДНК).